志望校設定について
1.国立大学なら東大の勉強をすれば網羅できるか
網羅はできませんが多くの国公立であれば東大合格レベルの勉強を行えば合格圏内に入れると思います。
ただ、京都大学の英語であったり、一橋大学東京工業大学などの数学であったり、東大と形式が全く異なる、あるいは難易度が東大より高いものもあるので一概には言えません。
2.東京大学と他の大学の併願について
まず東京大学受験生の傾向として一定割合東大一本の学生がおり、そうした学生は東大以外を受験しません。しかし、多くの学生は早慶を滑り止めで受験していると思います。
次に国公立との併願についてです。国公立を併願しようとする場合、前期に東大、後期にもう1つの国公立という受験の仕方になります。しかし、今年度や来年度は知りませんが、後期を実施する大学は減少しており、東大受験生が受験するレベルの大学はほぼなくなったと言っていいでしょう。ですから併願しているイメージがないのだと思います。
そして、農工大学との併願についてですが、別段おかしいまたは難しいことはないと思います。基本的な勉強は重複しているはずですし、差異部分については過去問等でそれぞれ対策されればいいと思います。
私は農工大学の勉強をした経験がないので断言はしませんが、当時一橋大学と併願していた際は難しいことはありませんでした。
参考になれば幸いです。