東大か京大か
一番大きな違いは東大は全員教養学部として入学し、そのあと自分の学部を決めるのに対し、京大は入学時に学部が既に決まっていることですね。東大のメリットとしては行きたい学部が決まっていない場合決めるまでの猶予が長くなることが挙げられ、デメリットとしては成績順に学部が決まるので成績が低いと希望の学部に行けない可能性があることです。逆に京大のメリットとしては既にやりたいことが決まっている場合一年生から自分の専門分野を先取りできることで、デメリットとしては転学部の制度はあるものの、別の進路にしたいと思った時に変えにくいことです。
難易度ですが東大と京大の問題傾向はかなり異なるので個人の相性もありますが一般的には東大の方が難しいです。また傾向が異なるので京大を目指すなら京大コース、東大を目指すなら東大コースにするべきだと思います。