長時間勉強
東京大学に所属している者です。
質問者さんの勉強している姿を見た訳ではないので何が原因かはハッキリとは分かりませんが、考えられる原因は2つあります。
1つ目は「姿勢が良くない」というものです。良くない姿勢で長時間勉強し続けると、体のどこかしらが痛くなってもおかしくありません。一度誰かに自分の姿勢を見てもらって、何か良くない点がないか聞いてみるのが手っ取り早いかと思います。その上で、その点を改善できるように日頃から勉強の姿勢にも気を配ったり、姿勢が良くなるアイテムを買ったりするといいでしょう。
2つ目は「眼精疲労」です。眼精疲労とは、要するに目の疲れです。目が疲れてくると肩が凝ってきて、さらに進むと肩以外の部位にも影響が出てきます。スマホやパソコンなどの見過ぎが目の疲労の原因になっていることが多いので、思い当たる節があるのであれば意識的に液晶を見る時間を減らしましょう。
少しでも参考になれば幸いです。